Школа в д. Столипино появилась в 1957 году. До Великой Отечественной войны школа-семилетка была расположена в д. Никифоровское (4 км от д.Столипино). В соседних деревнях Колчеватики, Заборово, Васильевское, Столипино работали начальные школы. В 1944 году здание Никифоровской семилетней школы сгорело и она была переведена в д. Колчеватики, где, не имея собственного здания, располагалась в четырех крестьянских домах.
В 1955 году было построено здание новой школы в д.Столипино, главной усадьбе колхоза «Сознательный». Школа была переименована в Столипинскую восьмилетнюю школу.
1984 год. Деревянное здание школы опять сгорело. Два года, пока строилось новое здание школа, учащиеся занимались в помещении правления колхоза «Сознательный».
В 1986 году на новом месте было построено современное кирпичное двухэтажное здание школы, рассчитанное на 144 места. Здесь школа располагается и сейчас.
С 1994 года Столипинская школа стала средней.
В 2006 году образовался Столипинский образовательный округ, в котором Столипинская средняя общеобразовательная школа являлась базовой. С 2015 года базовый округ не существует.